• El interior de la Catedral de Jaén es de planta de salón.
• El interior está dividido en tres naves, la Nave Central (Catedral de Jaén. Nave Central), la Nave del Evangelio (Catedral de Jaén. Nave del Evangelio), y la Nave de la Epístola (Catedral de Jaén. Nave de la Epístola).
• Tiene diecisiete capillas: la Capilla del Cristo de la Buena Muerte (Catedral de Jaén. Capilla del Cristo de la Buena Muerte), la Capilla de San Sebastián (Catedral de Jaén. Capilla de San Sebastián), la Capilla de San Jerónimo (Catedral de Jaén. Capilla de San Jerónimo), la Capilla de la Virgen de los Dolores y Santo Sepulcro (Catedral de Jaén. Capilla de la Virgen de los Dolores y Santo Sepulcro), la Capilla de la Virgen de las Angustias (Catedral de Jaén. Capilla de la Virgen de las Angustias), la Capilla de Santa Teresa (Catedral de Jaén. Capilla de Santa Teresa), la Capilla de San Benito (Catedral de Jaén. Capilla de San Benito), la Capilla de Santiago Apóstol (Catedral de Jaén. Capilla de Santiago), la Capilla Mayor o del Santo Rostro (Catedral de Jaén. Capilla Mayor), la Capilla de San Fernando (Catedral de Jaén. Capilla de San Fernando), la Capilla de San Eufrasio (Catedral de Jaén. Capilla de San Eufrasio), la Capilla de La Inmaculada y San Amador (Catedral de Jaén. Capilla de la Inmaculada), la Capilla del Niño Jesús (Catedral de Jaén. Capilla del Niño Jesús), la Capilla de San Miguel (Catedral de Jaén. Capilla de San Miguel), la Capilla de San Pedro Pascual (Catedral de Jaén. Capilla de San Pedro Pascual), la Capilla de la Virgen de la Correa (Catedral de Jaén. Capilla de la Virgen de la Correa) y la Capilla de San José (Catedral de Jaén. Capilla de San José).
• En las naves de la catedral se observa la dominante frontalidad con que se muestra el conjunto de retablos barrocos y neoclásicos que amueblan el interior de las capillas laterales. Sorprende entonces comprobar cómo en su momento se dejó prevista una “preinstalación” bien distinta a la finalmente realizada si atendemos a la inequívoca direccionalidad hacia la cabecera que marca la propia arquitectura de las capillas. Y así fue y se mantuvo durante todas las fases constructivas del templo, desde el siglo XVI al siglo XVIII. Tal recurso proyectual contaba con algún notable precedente medieval, llegando sus secuelas incluso a tierras americanas. En el caso de Jaén, hay que personalizar semejante decisión en Andrés de Vandelvira y en la fidelidad de quienes le sucedieron. El maestro de Alcaraz -y no Siloé- ya había compatibilizado frontalidad y lateralidad en las capillas de El Salvador (Úbeda). En Jaén no obstante fue más decidido y se decantó por orientar las capillas exclusivamente hacía la cabecera en base a la predominante costumbre arraigada desde tiempos del obispo Biedma, finales del sXIV, en la misma vieja catedral que ahora empezaba a sustituírse y que acabó siendo inmortalizada por Juan de Aranda Salazar en su plano de 1634.
• Hasta el siglo XX existía la Vía Sacra (Catedral de Jaén. Vía Sacra), que es el pasillo acotado que unía coro (Catedral de Jaén. Coro) y presbiterio (Catedral de Jaén. Presbiterio).
• Los entablamentos interiores usados por Vandelvira dieron esbeltez a los pilares (Catedral de Jaén. Columnas).
• Juan de Aranda se ocupó de levantar el crucero y las capillas de la izquierda.
  
• En el siglo XVIII se cierran las bóvedas entre el crucero y los pies de la iglesia por el arquitecto José Gallego y Oviedo.