Es rectangular con cúpula y restos de policromía en las pechinas.
El retablo barroco baezano y está inspirado en el Retablo Mayor, dorado en 1761 por Francisco Gómez de Espinosa, nos recuerda el barroco colonial. Consta de dos cuerpos y tres calles. El centro del primer cuerpo está ocupado por el Sagrario y un magnífico Manifestador. Las calles laterales aparecen ménsulas en las que se ubicaron imágenes, hoy desaparecidas. El segundo cuerpo de medio punto, tiene dos pilastras centrales y magníficas tallas. En el centro un crucifijo enclavado en la transición románica-gótica del siglo XIII.
La reja, plateresca, con el escudo de los Vargas, está trabajada a un solo haz y parece probable sea obra del taller del maestro Bartolomé. Está claro que no fue hecha para esta capilla. Consta de tres calles, cuerpo y copete. En el centro del cuerpo está la puerta a dos bandas y encima el escudo de Vargas. Las barras son retorcidas y lisas, las cenefas de hojarasca. El copete se compone de eses dobles entre candelería. En la parte inferior de la reja aparece un añadido de incierta procedencia y que pudiera proceder de una de las cuatro capillas que daban tres al Claustro (Catedral de Baeza. Claustro) y una al templo. Capillas que fueron desmontadas para ubicar la nueva Sacristía.