De estilo románico tardío (siglo xiii), su planta, típica cisterciense, tiene forma de cruz latina, con crucero, ábside central poligonal reforzado con grandes pilares y cuatro ábsides laterales de cabecera plana.
Sus dos naves constan de seis tramos las laterales y tres la central.
Pilares cruciformes en la cabecera y octogonales en las naves.
En su construcción se usaron sillares de caliza muy porosa, actualmente en avanzado estado de deterioro.
Se cubríó con bóvedas de crucería góticas.
Tiene nervio de ligazón central, detalle que lo relaciona con la escuela burgalesa.
A finales del siglo XIV se hicieron las celosías mudéjares que se conservan aún en algunas ventanas.
En la fachada sudoeste hay un pórtico tardorrománico con arco de medio punto y cinco arquivoltas abocinadas apoyadas en columnas con capiteles decorados con motivos vegetales.
El acceso actualmente se realiza desde el claustro.
En 1502 los Condes de Ariza fundaron su panteón familiar en la Capilla Mayor.
En 1650 el Venerable Palafox mandó construir la cripta bajo el ábside central.
Entre 1684 y 1701 se construyó en el extremo norte del crucero la capilla barroca de San Inocencio Mártir.
En el siglo XVIII se remodeló el edificio enmascarándolo de yesos que, al caerse, han dejado visible el edificio del siglo XIII.