- La tremenda dimensionalidad del interior de la Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares destaca respecto al resto de las iglesias de la ciudad.
- Consta de cinco naves de igual altura, separadas por pilares y arcos ojivales. Las tres centrales son más espaciosas y dos laterales, a las que se abren un gran conjunto de capillas, casi todas de un Gótico tardío de finales del siglo XV principios del siglo XVI.
- El templo bien puede definirse como de aspecto extenso luminoso y goticista.
- Originalmente tuvo techumbre de madera, sustituida por bóveda barroca en el siglo XVII. Hoy vuelve a lucir un artesonado mudéjar añadido en la última restauración.
- De las 32 capillas que se constataban en el siglo XVII en el interior de la iglesia y claustro sin contar la mayor, sólo se conservan 16.
- Las capillas conservan algunas de las muestras más excelentes de la rejería religiosa andaluza.
- Capilla Mayor (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla Mayor).
- Capilla de los Sabater. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de los Sabater).
- Capilla de los Becerra. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de los Becerra).
- Capilla del Cristo Yacente. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla del Yaciente).
- Capilla de la Virgen de la Merced. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de la Virgen de la Merced).
- Sacristía y Sala Capitular. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Sacristía).
- Capilla del Cristo de 1a Caída. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla del Cristo de la Caída).
- Capilla del Cristo de Medinaceli. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla del Cristo de Medinaceli).
- Capilla de los Baeza. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de los Baeza).
- Capilla de la Yedra. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de la Yedra).
- Capilla del Santo Entierro. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla del Santo Entierro).
- Capilla Bautismal. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla Bautismal).
- Capilla de San Sebastián. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de San Sebastián).
- Capilla de Nuestra Señora de Guadalupe. (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de la Virgen de Guadalupe).
- Capilla de Jesús Nazareno (Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares. Capilla de Jesús Nazareno).
- Durante siglos el templo ha ido acumulando obras pictóricas, tanto de la escuela italiana, entre las que destacan la Virgen de Belén, del retablo de la capilla de los Sabater, y de la escuela española, son buen ejemplo una Inmaculada de la escuela de Alonso Cano o una Piedad de Bocanegra.
- Del siglo XV es una pila bautismal, gótico-mudéjar y otra en mármol blanco del siglo XVII.
En imaginería, un cristo crucificado de cuatro clavos del siglo XV o un cristo caído del siglo XX de Mariano Benlliure.