Se accede desde la Antesacristía por una monumental escalera, obra de Vandelvira, como la cripta.
Al final de la escalera y a un costado, un arco de bóveda que se apoya en triple arco.
En el costado se encuentra una portada con arco de medio punto
apoyado en columnas dóricas adosadas que da paso a un vestíbulo de 8,5
por 5,5 metros.
Se entra al Museo, que se hizo en 1962, por un arco de medio punto sobre columnas jónicas adosadas. A los lados del arco figuras alegóricas que sostienen palma y laurel. Encima del arco, ángeles tenantes que sostienen el escudo del obispo Tavera, que fue obispo entre 1555 y 1560, con lo cual entre estas fechas fue la construcción de este panteón.
Este arco da paso a una sala más amplia que anteriormente era la capilla del panteón donde se celebraban los sufragios por los canónigos difuntos, que a su vez precede a otro salón, de menores proporciones, con bóveda de cañón, que fue la verdadera cripta con los enterramientos de los canónigos.
Los cuerpos de los prelados se trasladaron al Cementerio de San Eufrasio en 1962, cuando se transformó en museo este espacio.