- Es el tercero, en orden cronológico, de los conventos de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios.
- Se erige en el año 1565 y fue su fundador el venerable Frutos de San Pedro, uno de los primeros hermanos de la citada orden granadina.
- La iglesia fue bendecida en 1575.
- Posteriormente, ya en el siglo XVIII, un hijo de Lucena llegó a ser primer General Vitalicio de San Juan de Dios, Fr. Alonso de Jesús (vid.) el cual desarrolló una meritísima labor de enriquecimiento de los hospitales e iglesias fundados, así como nuevas fundaciones.
- La iglesia es de una sola nave cuya fachada es un verdadero retablo de mármoles y jaspes incrustados.
- El retablo mayor terminado en 1754 se realizó en Granada.
- Se da la circunstancia de que tanto la iglesia y hospital de Granada, como los de Lucena fueron realizados bajo los diseños y órdenes del arquitecto lucentino José de Bada y Navajas, y que intervinieron en su realización los mismos artistas: Raxis, Saravia, Bocanegra e incluso Alonso Cano, en la pintura, cantería de Cabello del Pino y Hurtado de Rojas.
- El hospital e iglesia de S. Juan de Dios de Lucena son en conjunto un importante exponente del barroquismo andaluz del XVIII.
- En la cripta de la iglesia están los restos del Venerable Frutos de San Pedro, del que se inició en su momento expediente de beatificación.