Inmediato a la Colegiata se encuentra el Monasterio de la Encarnación.
Originariamente este edificio se fundó en 1549 como Hospital de la Encarnación del Hijo de Dios, por D. Juan Téllez Girón, IV Conde de Ureña.
En 1612 lo ocuparon los jesuitas.
En 1626 la IV Duquesa de Osuna, Doña Isabel de Sandoval y Padilla, funda en el solar del antiguo hospital el monasterio que habían de regir las religiosas de la real y militar orden de la Merced.
La fachada está realizada en ladrillo, enmarcándose el vano de entrada por pilastras y rematándose con un frontón partido.
El interior de la Iglesia es de una sola nave cubierta con bóveda de cañón con huecos.
El retablo mayor es barroco, destacando en la hornacina principal una escultura de la Virgen de la Merced.
A través de la Iglesia accedemos al Patio.
El patio está rodeado por un zócalo de azulejos sevillanos del XVIII, donde se observan escenas bíblicas, los 5 sentidos, las 4 estaciones del año, motivos callejeros y monjas rezando en coro. También se observa escenas de montería y tauromaquia.
Original escalera.
Tiene pinturas del siglo XVII con trabajos de Francisco Meneses de la escuela de Alonso Cano.
En su interior se han adaptado como museo varias dependencias, el Coro Bajo, la Sala de Comendadoras y la Saleta de los Niños, para exponer la rica colección artística compuesta por pinturas, esculturas y enseres fechados entre los siglos XVI y XIX.