- En principio la cabecera de la Catedral Nueva había de terminar en girola y ábsides poligonales, pero finalmente se cambiaría el proyecto al actual, que remata el templo con una cabecera rectangular que hace una planta de salón.
- La cabecera está orientada al Este.
- En la cabecera se encuentran las siguientes capillas en este orden:
- Capilla de la Soledad (Catedral Nueva. Capilla de la Soledad).
- Capilla del Cristo de las Batallas (Catedral Nueva. Capilla del Cristo de las Batallas).
- Capilla de San José (Catedral Nueva. Capilla de San José).
- El suelo de la cabecera tiene multitud de tumbas.
- La cabecera une la Nave del Evangelio (Catedral Nueva. Nave del Evangelio) con la Nave de la Epístola (Catedral Nueva. Nave de la Epístola).
- Y cierra por el Este la Capilla Mayor (Catedral Nueva. Capilla Mayor).