- Ubicado en el lado del Evangelio de la Catedral Nueva, sobre el muro del coro (Catedral Nueva. Coro).
- De estilo Barroco.
- Construido en 1744 por el Maestro Pedro Echaverría.
- Fue modificado en el siglo XIX, cambiando su fábrica original.
- Hacia 1950 se quiso afinar el órgano. Fue llamado un especialista belga, el cual se quedó asombrado al saber que llevaba casi un siglo sin afinación, dado su perfecto estado gracias al clima seco de la zona.
- En 1992, con la ayuda de la monarquía nipona, y por sugerencia del maestro japonés Tsuji el órgano fue restaurado, volviendo a adquirir su carácter primitivo e instalándose un sistema eléctrico para las bombas de aire.