Tras la excavación arqueológica y la restauración acabadas en el 2001, cobija una oficina municipal de turismo.
Construida por los musulmanes como torre del homenaje del palacio del gobernador de la ciudad, durante la época de la taifa de Zaragoza fue parte del palacio de invierno, siendo el de verano la Aljafería.
Tras la Reconquista de la ciudad, se convierte en palacio real, papel que mantiene hasta el siglo XIII cuando la sede pasa a la Aljafería.
En 1180 pasa a pertenecer a la Orden Hospitalaria de San Juan de Jerusalén que la convierten en un hospital y construyen una iglesia, cuya torre es la de la Iglesia de San Juan de los Panetes.
Desde el siglo XIV el edificio se convierte en sede del Castellán de Amposta, la máxima autoridad de la orden en Aragón.
El palacio de la Zuda es abandonado en 1835 tras la desamortización de Mendizábal.
De 1857 a 1910, con el permiso del Castellán de Amposta, el edificio fue ocupado por las Religiosas Adoratrices, fundadas en 1856 por la Madre Sacramento, María Micaela Desmaisières López de Dicastillo, vizcondesa de Jorbalán.