El edificio, que fue inaugurado en 1999, se estructura en torno a dos naves principales en forma de T, dispuestas en torno a un amplio patio. La parte abierta del patio se cierra por un torreón de la antigua muralla (Torre de la Cilla), actualmente de uso museístico y, por el propio discurrir de la misma, que sirve de mirador.
Del patio del antiguo edificio se han conservado el pozo y las dos palmeras y en la actualidad se usa como sala de conciertos al aire libre. El piso superior de una de las naves se usa como sala de exposiciones y el inferior como tienda de recuerdos y oficina de turismo. La nave que alberga el museo está dividida en dos zonas de exposición permanente.