En 1498 el arzobispo Alonso de Aragón inició un proyecto para añadir dos naves a las tres ya existentes de la Seo. Sin embargo, el decadente estado del cimborrio requirió su destrucción. Una comisión de expertos en la materia, a cuya cabeza estaba Enrique Egas, sugirió al cabildo su inmediato derrumbe.
Entre 1505 y 1520 se levantó el actual cimborrio. En él se conjugan los estilos del mudéjar y el gótico junto al ornato renacentista.
Tomaron parte los mejores arquitectos de la época en su construcción.
El cimborrio tiene dos plantas, una rectangular y otra con forma de octógono.
Las paredes tienen una estructura y decorado renacentista, y las hornacinas poseen estatuas de santos aragoneses.
Las nervaduras del cimborrio parten de cada ángulo de la planta octagonal y forman una estrella de ocho picos.
Sobre el hueco que ella deja se levanta una magnífica linterna.
Se trata, en fin, de un elemento de estilo mudéjar, pues el sistema de arcos entrecruzados en bóveda estrellada tiene su paralelo en otros cimborrios y bóvedas de nervios hispánicas que remiten, en última instancia, al de la Mezquita de Córdoba.