Se eleva sobre unas gradas para colocar la mesa del Altar Mayor.
El terremoto de Lisboa, ocurrido el 1 de noviembre de 1755, fue uno de los más grandes y destructivos de la historia, con una magnitud estimada de 8.5 en la escala de Richter. El terremoto, acompañado de un tsunami y un incendio posterior, arrasó gran parte de Lisboa y afectó a una vasta área que incluía partes de España, incluyendo Jaén. En Jaén el terremoto se sintió con intensidad, lo que llevó a la población a buscar refugio en la Virgen de la Antigua como muestra de protección divina. El terremoto también dejó secuelas en la estructura de la ciudad, como la pérdida de la capilla de la Encarnación y la dificultad para recuperar la bóveda del presbiterio.
Las gradas son de mármol rojo y el altar de mármol blanco, con embutidos en rojo, y data de 1657, siendo obra de Pedro Portillo y López de Roxas.